一般来说，保藏温度越低，保藏效果越好。在常用的冷冻保藏方法中，液氮保藏可达到-196℃。因此，从适用的微生物范围、存活期限、性状的稳定性等方面来看，该方法在迄今使用的各种微生物保藏方法中是较理想的一种。但液氮保藏需使用专用器具，一般仅适合一些专业保藏机构采用。与此相应，超低温冰箱保藏使用更为普遍。例如在各种基因工程手册中，一般都推荐超低温冰箱中保存菌株或细胞的某些特殊生理状态(添加甘油做保护剂)，例如经诱导建立了感受态的细胞。在没有超温冰箱的条件下，也可利用-20~30℃的普通冰箱保存菌种。但应注意加有保护剂的细胞混合物的共融点处在这个温度范围内，常会由于冰箱可能产生的微小温度变化引起培养物的反复融化和再结晶，而对菌体形成强烈的损伤。因此采用普通冰箱冷冻保存菌种的效果往往远低于超低温冰箱，应注意经常检查保藏物的存活情况，随时转种。